Итак если вы решили ипользовать стандартный Joomla-вский SEF, то придется сталкнуться с фалом .htaccess. Ничего страшного там нет все настроено за Вас. Тупо включаем SEF в админке Joomla. А именно Сайт — общие настройки — сайт — Установки Search Engine Optimization

Там видим три настройки SEF:
1 Включить SEO Нет Да
2 Использовать mod_rewrite Нет Да
3 Добавить суффикс к URL Нет Да
Выше я отметил жирным как делаю я. Впринципе если вы включаете стандартный SEF для Joomla в .htaccess, то Вам необходимо установить настроики 1 и 2 как ДА. Настройка 3 отвечает за тучасть в url, которая показывает приставку к измененому виду ссылки например по умолчанию это .html тут уж по Вашему усматрению включать 3 пункт или нет.

Все сохраняем настройки и переименовываем в корне Joomla файл htaccess.txt на .htaccess. Смотрим должно работать.

Но при таком подходе возникают проблемы с дублированием главной страницы, что не есть гуд для SEO. Главная страница теперь у нас 3-х вариантов это /home.html, www.site.ru, site.ru. Для того что бы это поправить необходимо настроить 301 редирект в файле .htaccess. Делается это так.

1. RewriteEngine On
2. RewriteBase /
3. Redirect permanent /home.html http://site.ru/
4. RewriteCond %{HTTP_HOST} ^www.site.ru$ [NC]
5. RewriteRule ^(.*)$ http://site.ru/$1 [R=301,L]

Все

Исходник:  opengs.ru